Le dernier projet d'établissement approuvé remonte à la période 2003-2008. Il a permis une très large modernisation du dispositif de soins ambulatoires et d'hôpitaux de jour sur les sites de Chartres, Lucé, Morancez, Châteaudun et Nogent-le-Rotrou, ainsi que la reconstruction des unités pour patients handicapés à Bonneval.

Une première version du projet médical 2009-2013, centré sur la nécessaire évolution de la psychiatrie n'a pas été approuvé par les autorités de tutelle.