À la Révolution le monastère ne comptait plus que huit moines, il devient alors propriété de l’État le 27 avril 1791. L’abbaye est mise en vente par l’administration du district de Châteaudun. Julien Balleux, l’ancien maître de la poste aux chevaux de Bonneval devient le premier acquéreur, puis Pierre Dutartre vient y établir une filature de coton en 1793.

Trente ans plus tard, de 1820 à 1825, il y installe une fabrique de tapis et couvertures. Le 13 mai 1827, le sieur Dutartre vend le domaine au marquis d’Aligre qui celui-ci l’échangea au département contre le domaine de Josaphat à condition d’en faire un établissement utile à l’humanité.

Enfin, en 1828 c’est le Conseil Général qui prend possession de l’ancienne abbaye. Il y établit en 1845 une colonie agricole pour enfants abandonnés avant de laisser place en 1861 à l’asile d’aliénés départemental d’Eure-et-Loir qui deviendra hôpital psychiatrique en 1938. Ainsi le Conseil Général appliqua la Loi de 1838 qui stipule dans son article 1er que : “chaque département est tenu d’avoir un établissement public, spécialement destiné à recevoir et soigner les aliénés... ”.

Il faudra attendre 1979 pour que le centre hospitalier prenne le nom du docteur Henri Ey, hommage rendu à cet illustre psychiatre qui exerça au sein de l’établissement en temps que médecin chef des femmes de 1933 à 1970, faisant de l’ancienne abbaye saint-florentin “le centre rayonnant de la psychiatrie française”.